La polémica por la millonaria remuneración que recibía Marcela Cubillos por su paso por la Universidad San Sebastián sumo un nuevo capítulo, luego que se conocieran los abultados traspasos de recursos a la casa de estudios por parte del Mineduc durante la gestión de la ahora candidata a alcaldesa, durante el segundo gobierno de Sebastián Piñera.
Según detalló un reportaje de Ciper, la institución educacional recibió $1.479 millones desde la Subsecretaría de Educación, por concepto de pagos de servicios cuando Marcela Cubillos fue ministra de Educación, entre agosto de 2018 y febrero de 2020.
Durante el gobierno de Piñera, la casa de estudios se ubicó como uno de los mayores proveedores del Estado, ya que registró en total más de $7.000 millones por órdenes de compra, donde $5.700 millones fueron entregados por la Subsecretaría de Educación, por distintos programas de formación docente y asesorías técnicas para la evaluación docente.
De estos $5.700 millones, $1.479 millones se gestionaron durante el paso de Cubillos por el Mineduc, en contraste con los $9 millones y $144 millones que recibió la Universidad San Sebastián, en 2016 y 2017, antes de la vuelta de Piñera a La Moneda.
En el primer año del mandato de Gabriel Boric, la USS obtuvo $3.642 millones, ya que en 2022 se puso a diversos convenios firmados en la administración anterior, como el contrato para el Servicio de Análisis de muestra clínica COVID-19, que ascendía a casi $2.000 millones. Después de dicho año, las órdenes de compra se redujeron a $515 millones en 2023.